学院依托学科点，加大投入力度，建成了四川省医学重点学科（专科）5个（医学影像学、风湿免疫学、临床神经电生理学、普通外科学、肛肠科），发展了人体解剖与组织胚胎学、药理学和免疫学与分子生物学等一批优势学科，是四川省临床医学和医学影像学本科人才培养基地、四川省风湿病治疗中心。现设有医学影像学、风湿免疫学、免疫学与分子生物学、形态学、药物学、临床神经电生理及高等教育共7个科学研究所；有国家中医药科研二级实验室4个、四川高校重点实验室1个、四川高校重点建设实验室1个和SPF级科研动物室1个；基础医学实验中心5个、临床专业实验中心6个、临床技能中心1个。

学院在2003至2006年期间，承担了各级各类科研项目341项，其中国家自然科学基金项目6项，省部级项目64项，厅局级项目271项；获科技奖励53项，其中四川省科学技术进步一等奖3项，其它省部级成果奖18项；发表学术论文2027篇，其中被SCI、EI、ISTP等三大检索工具收录36篇；出版科研学术专著10部。创办有《川北医学院学报》、《西部医学》2种国内外公开发行的学术刊物。

学院重视对外交流，积极开展国际合作。先后与美国、加拿大、瑞士、日本、澳大利亚、德国等国的大学和科研机构开展了多种形式的合作，并完成了多项科研合作课题。先后选派多名教师分赴美、英、法、德等国留学、进修；先后成功邀请了美、加、澳、日、德等国及国内的知名专家学者近百名来院讲学；与美国儿科学会联合举办了两期“儿童心肺复苏急救技术”培训班；承办了卫生部继续医学教育学习班；举办了二十多场全国及省市级学会或协会的学术年会、研讨会、学习班、培训班。

学院在稳定基础研究的基础上突出应用研究，强化开发，将一批较为成熟的科技成果直接转化为生产力，服务于社会。先后为企事业单位提供感冒药分散片、“诺迪康”（药物）、“饮尔康”（饮料）、“中华龙宝”（保健品）、中草药卫生纸系列等数项研究成果，取得了明显的经济效益和社会效益。